菌酶协同发酵是在微生物发酵工艺的处理下添加一定量的酶进行协同发酵，兼具酶解法和微生物发酵法的优点，能将原料中的抗营养因子降解，调节饲料苦味，改善饲料适口性，弥补单一微生物发酵产酶不足和酶解口味不佳等问题，促进动物采食，提高饲料转化率和营养价值。
菌酶协同发酵常用的菌种主要包括芽孢杆菌、酵母菌、乳酸菌以及霉菌。芽孢杆菌类主要有枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、凝结芽孢杆菌和蜡质芽孢杆菌等，能降解抗营养因子和有毒物质，分泌纤维素酶和蛋白酶将纤维素和大分子蛋白降解，调节动物肠道健康。
饲料原料中抗原蛋白、胰蛋白酶抑制剂、低聚糖和植酸等抗营养因子和有毒物质影响动物对饲料营养物质的消化、吸收和利用。菌酶协同发酵兼具微生物发酵法和酶解法的优点，利用菌群分泌的胞外酶、代谢产物和蛋白酶系协同作用，可降解饲料原料中的抗营养因子和有毒物质。菌酶协同发酵主要是通过菌株产生的代谢产物、增强微生物对饲料原料中大分子物质的利用以及酶对饲料原料的降解为菌株合成菌体蛋白提供能量，即将饲料原料中的大分子蛋白降解成易被动物吸收的小分子肽，进而提高饲料营养价值和转化率。菌酶协同发酵添加的菌种能改变饲料原料中理化性状，产生大量有机酸降低饲料的pH值，使饲料具有芳香味，能减少饲料苦味物质产生，从而改善饲料适口性，且富含有益菌群的发酵饲料也容易被分解利用，促进动物采食。菌酶协同处理兼具微生物发酵和酶解的优点，非常规原料经菌酶协同发酵处理可有效降解有毒物质和抗营养因子改善适口性，弥补营养成分不平衡、饲用价值低等问题，且增加发酵产物蛋白质含量，从而改善非常规饲料原料的营养价值，达到更好的饲用效果。
菌酶协同发酵融合发酵和酶解的优点，经菌酶协同发酵的饲料可促进猪采食，维持仔猪肠道健康缓解腹泻，对猪肠道菌群产生积极作用，且经酶解后的饲料更易被猪消化和吸收，提高饲料的可消化，促进仔猪的生长，增加养殖效益。菌酶协同发酵产生的蛋白饲料可提高肉鸡的生长性能、肠道屏障功能和血清抗氧化性。菌酶协同发酵饲料可显著提高肉鸡生长性能，且能平衡肠道菌群和改善肠道形态。
- 添加的菌群可分泌有机酸降低饲料pH值，从而改善饲料适口性促进动物采食。
- 添加的酶可分解大分子蛋白增加小肽含量，提高饲料营养价值和利用率。
目前对菌种和酶的具体协同作用机制还未研究透彻，且不同菌种和酶协同发酵生产的蛋白饲料的应用效果也存在一定差异。
